A francia zeneszerző és orgonista 1911. február 3-án született Saint Germain-en-Laye-ben. Első zenei leckéit apjától kapta, majd Augustin Pierson tanította zongorázni. 1928-tól a párizsi Conservatoire növendéke lett, összhangzattant André Bloch-tól, fúgát Georges Caussade-tól, orgonát pedig Marcel Dupré osztályában tanult. Zeneszerzésre Dukas és Roger-Duccasse oktatta.
Tanulmányait többször is megszakította betegségek és egy rövid katonai szolgálat miatt (Nancy városa mellett). 1935-ben megházasodott, s ettől kezdve tanulmányai mellett három párizsi templomban orgonált. Alapvetően meghatározta életét húgának, 1937-ben az Alpok hegyei között bekövetkezett tragikus halála. 1939-ben befejezte a Conservatoire-t, s a háború miatt Belgiumból Angliába telepítették át. A következő évben visszatért Franciaországba, és 1940. június 20-án, Petit-Puy-ban, Samour mellett hősi halált halt. Poszthumusz kitüntetést kapott.
Számos művét már életében kiadták, köztük a Suite monodique-ot, a Choral dorient, a Choral phrygient, a Variation sur un thème de Clément Jannequint és a Litanies-t. 1943-ban Leduc három kötetbe rendezte Alain műveit, a következő évben pedig a zongoraműveit adta ki. Orgonaműveit többnyire zongorakompozíciói előzték meg. Egyéb zenéi szóló- és kórusművek, valamint kamara és nagyzenekari kompozíciók. Életművéből festmények is fennmaradtak, valamint kiterjedt levelezést hagyott az utókorra.
